Pixel art
Dibujar sprites originales y animaciones es un trabajo duro, generalmente tienen que ser dibujados uno por uno, pixel por pixel, pero te sientes recompensado cuando ves a tu personaje moviendose, saltando y disparando.

Hay buenos programas para realizar esta tarea, algunos sólo para dibujar sprites, otros también para animarlos, aquí tienes una lista de los más populares.

Cosmigo Pro Motion, uno de los mejores para diseñar y animar sprites.

Gimp, otro bueno, pero necesitarás configurarlo para usarlo para pixel art.

Adobe Photoshop, nada que decir que no sepas de él, un gran programa de diseño gráfico.

Graphics Gale, otro bueno.

Jasc Animation Shop, sin web oficial, lo encontrarás en Google.

Iconomaker, muy facil de usar.

Aseprite (Allegro Sprite Editor)

Pyxel Edit

MS Paint, simple, pero muy util para copiar+pegar sprites en una plantilla.


Otros programas de dibujo:

RealWorld Paint, Spriter, Grafx2, mtPaint y D-Pixel.
Recursos
Porque dibujar sprites no es para todo el mundo hay muchos sitios de recursos con los que puedes crearte tu plantilla, sólo recuerda que este material suele tener copyright asi que tenlo en cuenta a la hora de publicar tu juego.

Aquí tienes una lista de webs con recursos:

OpenGameArt

The Spriters Resource

Sprite Database

NES SNES Sprites

The ShyGuy Kingdom

ScrollBoss
Si conoces algún programa para pixel art o alguna web de recursos que merezca estar en esta lista házmelo saber.